El Seminario de Cristo Sacerdote de Yarumal, fue fundado por Monseñor Alfonso Uribe Jaramillo, Obispo de Sonsón-Rionegro, en el año de 1969, como una derivación del Seminario Nacional de Cristo Sacerdote (La Ceja), con la finalidad de formar líderes campesinos adultos procedentes de todas las regiones del País, a fin de servir a las comunidades rurales por medio del Sacerdocio Ministerial o como agentes laicos para un equilibrado cambio social integral.

Los primeros años que fueron de búsqueda y organización se llevaron a cabo en Sonsón, en la sede del Seminario Mons. San Alberto Magno; gentilmente cedida por la Diócesis para el efecto.   Inició el Seminario con 48 alumnos, siendo su primer rector, durante un año, el Padre César Cardona. A él le correspondió interpretar el pensamiento de Monseñor Alfonso Uribe, realizar la primera campaña vocacional, buscar y seleccionar los primeros jóvenes campesinos que se quisieran formar para el sacerdocio

Al Padre César Cardona le sucedió en la rectoría el Padre Fabio Restrepo, a quien le correspondió el traslado del Seminario a Yarumal, a finales del año 1973, a un enorme edificio y una granja anexa, utilizada para el trabajo agropecuario que realizan los estudiantes con el fin de suplir en parte los gastos económicos que demanda la institución.  Todo esto se adquirió gracias a la generosidad y espíritu eclesial del Seminario de Misiones Extranjeras de Yarumal. El Padre Fabio logró superar la fuerte crisis económica por la que atravesaba el Seminario y le dio firmeza y consistencia.  Junto con el Padre Andrés Elías Arroyave, Ecónomo de la época, el Seminario logró progresar mucho y ser conocido a nivel mundial.  Durante los cinco años que permaneció en la Rectoría el Padre Fabio entregó lo mejor de su sacerdocio en la formación sacerdotal.

El primero de febrero del año 1976, el Padre Héctor Salah Zuleta asume la Rectoría hasta el 30 de noviembre del año 1982.  El Padre Héctor, hoy Monseñor Héctor Salah Zuleta, Obispo de Riohacha en la Guajira, junto con un grupo de formadores de la asociación “Regina Apostolorum” le dan mayor estabilidad económica al Seminario y logran aumentar el número de seminaristas de diferentes jurisdicciones eclesiásticas del país y del exterior.